1958年回到北京后即被調(diào)入中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病毒學(xué)研究所，任脊髓灰質(zhì)炎研究室主任。從此，他就把畢生精力投入到消滅這一可怕的兒童急性病毒傳染病的戰(zhàn)斗中去了。為了建設(shè)脊灰疫苗生產(chǎn)基地，醫(yī)科院調(diào)他去云南昆明協(xié)助工作。

于1964年正式調(diào)往中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所任副所長，負(fù)責(zé)脊灰疫苗的研究與制造。1978年被國務(wù)院任命為中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院副院長和中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)副校長。6年后，升任院、校長。1993年離任，被聘為顧問。

顧方舟人物簡歷

1944年9月～1950年9月 北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)系

1951年8月～1955年9月 蘇聯(lián)醫(yī)學(xué)科學(xué)院病毒學(xué)研究所，病毒學(xué)副博士

1958年7月～1964年8月 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病毒學(xué)研究所，脊髓灰質(zhì)炎研究室，主任，副研究員

1964年9月～1971年10月 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)生物學(xué)研究所，副所長，副研究員

1971年10月～1977年9月 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院科研處，處長，副研究員

1978年10月～1984年10月 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院，中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)，副院校長，副研究員

1985年11月～1993年12月 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院，中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)，院校長，研究員

1986年～2025年1月 中國科學(xué)技術(shù)協(xié)會常務(wù)委員

1986～1993年中國免疫學(xué)會、中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)會，理事長

1987～ 2025年1月英國皇家內(nèi)科學(xué)院（倫敦），F(xiàn)ellow

1990～ 2025年1月歐洲科學(xué)、藝術(shù)、文學(xué)科學(xué)院，F(xiàn)ellow（院士）