1992年，《紅豬》公映。喜愛兵器的美麗卻討厭戰(zhàn)爭的宮崎監(jiān)督在兵器模型雜志連載一些短篇漫畫，這個(gè)作品即為其中之一改編。1995年的《側(cè)耳傾聽》由A-pro時(shí)代就認(rèn)識的近藤喜文監(jiān)督，但是腳本、分鏡仍然是宮崎駿擔(dān)綱。

1994年連載十年的漫畫《風(fēng)之谷》也終于完結(jié)。不得不承認(rèn)，1994年的同名動畫的成功和當(dāng)時(shí)的環(huán)保思想不無關(guān)系。而這個(gè)作品在連載中見證了宮崎駿導(dǎo)演想法的不斷變化和反思。動畫以來的想法不斷被推翻否定，認(rèn)為宮崎監(jiān)督思想是簡單的環(huán)保的人應(yīng)該仔細(xì)讀一下這個(gè)作品。

2001年，《千與千尋》上映。該作再次拿下總票房第一，超過300億日元的票房創(chuàng)造了歷史。而此時(shí)，日本動畫的年度經(jīng)濟(jì)總額才5000億日元，而一般年度票房首位的作品往往不到30億。強(qiáng)大的宣傳攻勢，甚至動用到了首相來為首映捧場。宮崎駿的成功開始得到國際的承認(rèn)，作品得到奧斯卡、威尼斯、柏林等國際電影獎項(xiàng)。

2002年新手接手的《貓的報(bào)恩》的票房的不如意，讓宮崎導(dǎo)演再次出手。2004年《哈爾的移動城堡》的票房估計(jì)接近《幽靈公主》，但無法達(dá)到千與千尋的程度。2008年《懸崖上的金魚公主》上映，獲得廣大好評。故事圍繞一個(gè)5歲的男孩宗介與想要成為人類的金魚公主“波妞”，宮崎駿說這個(gè)想法是從丹麥作家安徒生的著名童話故事《美人魚》中得到的靈感。經(jīng)過種種世事之后，他在全球動畫界無可替代的地位再一次得到了肯定和承認(rèn)。

2025年7月，宣布復(fù)出?！凹妨ぷ魇摇弊C實(shí)宮崎駿在制作短篇動畫《毛毛蟲波蘿》。