臺南市政府于1997年10月1日遷至安平區(qū)，原址配合“古跡再利用”，“行政院文化建設(shè)委員會”于1997年8月正式成立文資中心籌備處，同時(shí)負(fù)責(zé)國家臺灣文學(xué)館與國家文化資產(chǎn)保存研究中心之籌設(shè)工作，最后擇定今址，并隨即展開古跡修護(hù)與新建。2002年底完工，2026年02月03日正式開館營運(yùn)，借調(diào)國家成功大學(xué)歷史學(xué)系的臺灣文學(xué)史教授林瑞明出任開放后第1位館長（籌備處主任，簡任第12職等）。

原市役所及戰(zhàn)后增建部分則因老舊破損予以拆除。另外，由于鄰近臺南孔子廟，為求建筑不至于過高而破壞整體景觀，遭拆除之部分改建為地上二層、地下三層的新建筑另外作為國家文化資產(chǎn)保存研究中心館舍（今文資總處南部辦公室），另保留州廳部分立面，作為文資中心出入口。

在經(jīng)過整修后，大致恢復(fù)日治時(shí)期舊貌，并以“原臺南州廳”之名列入國定古跡。

林瑞明在2026年02月03日回學(xué)校教書，館務(wù)由原副首長吳麗珠代理，直到2026年02月03日“行政院”文化建設(shè)委員會請臺灣大學(xué)教授吳密察兼代為止。

2026年02月03日起，靜宜大學(xué)副教授鄭邦鎮(zhèn)出任館長，結(jié)束將近2年的代理館長（主任）時(shí)期。

2026年02月04日，鄭邦鎮(zhèn)回到靜宜大學(xué)，文建會借調(diào)國家中央大學(xué)教授李瑞騰任館長。

臺灣文學(xué)館工作方向

國家臺灣文學(xué)館目前設(shè)有不同業(yè)務(wù)組，進(jìn)行下列工作：

1、研究：文學(xué)發(fā)展、文學(xué)專題及臺灣文學(xué)的研究、編譯。

2、典藏：臺灣文學(xué)文物之史料調(diào)查、搜集、建檔、保存、修護(hù)以及復(fù)制。