其一，他不是前法老阿肯那吞的兒子，而是他的侄子。由于前法老阿肯那吞的王后只生下了6個(gè)女兒卻沒有兒子，所以有人猜測，她把自己的女兒許配給了阿肯那吞法老的侄兒，也就是圖坦卡蒙。其二，他就是前法老阿肯那吞的親生兒子。

有一些研究者認(rèn)為，由于王后一直沒有生下兒子，阿肯那吞為了王室血統(tǒng)的純潔，便和別的女人生下了圖坦卡蒙。甚至還有人認(rèn)為，這個(gè)女人很可能就是阿肯那吞已經(jīng)長成的女兒之一。因此，圖坦卡蒙迎娶的，甚至可能是自己同父異母的親姐或自己的親阿姨。

這件發(fā)生在約3000年前的宮廷秘事的真相究竟是怎樣的，至今仍是眾說紛紜，沒能定論。如果可以對這些木乃伊做DNA測試的話，或許這個(gè)問題就可以迎刃而解了。2008年，埃及考古學(xué)家扎西·哈瓦斯(Zahi Hawass)開始對圖坦卡蒙身世進(jìn)行研究，他希望從相關(guān)木乃伊上提取DNA，來弄清這位少年法老的身世及其過早離世的原因。

扎西·哈瓦斯的團(tuán)隊(duì)利用DNA檢測技術(shù)對圖坦卡蒙本人以及長期以來一直被疑為其近親的10具十八王朝王室五代族譜。通過調(diào)查Y染色體中的共享序列，辨別出圖坦卡蒙的男性祖先群;再通過找尋特定男女(夫婦)的DNA混合跡象，從而確定木乃伊之間的直系親屬關(guān)系。DNA檢測證明，阿蒙霍特普三世是圖坦卡蒙的祖父，他在位37年期間古埃及空前繁榮，王國版圖北及幼發(fā)拉底河，南至尼羅河第四大瀑布。

DNA檢測還初步顯示，隨葬圖坦卡蒙的兩個(gè)流產(chǎn)胎兒其實(shí)是他和妻子埃赫森娜蒙王后所生的女兒。1932年經(jīng)解剖學(xué)家確認(rèn)，其中一名女嬰在母親子宮內(nèi)5個(gè)月便夭折了。一具被叫做"老婦人"的木乃伊經(jīng)DNA檢測證明是提耶王后，即圖坦卡蒙的祖母、阿蒙霍特普三世的妻子。另一具被叫做"年輕女士"的木乃伊則是圖坦卡蒙的生母。