在他的后半生，平定寧王的叛亂是他最大的功績(jī)，但也正是在這件事上最多遭到后人的詬病。根據(jù)《明武宗實(shí)錄》的記載，在寧王朱宸濠叛亂之前，王陽(yáng)明“在南贛，尤為濠所慕，饋遺相屬于道。嘗貽書(shū)陸完，謂可任江西巡撫者?！痹谥戾峰┥諘r(shí)，王陽(yáng)明也曾經(jīng)前往賀壽。因此，后人曾經(jīng)指責(zé)他有通逆的嫌疑。

不過(guò)，最近有學(xué)者指出，這樣的說(shuō)法并沒(méi)有充足的證據(jù)。事實(shí)上，當(dāng)時(shí)受到寧王拉攏的還有很多人，其中包括劉瑾、大學(xué)士費(fèi)宏、兵部尚書(shū)陸完、都御史李士實(shí)以及著名文人唐寅等，因此交往的密切并不一定意味著“通濠”。至于王陽(yáng)明給寧王賀壽，也不能作為他通逆的證據(jù)。因?yàn)楫?dāng)時(shí)給寧王拜壽是江西現(xiàn)任及致仕官員對(duì)宗室表示尊重的一種方式，只是一種常規(guī)性的禮節(jié)，王陽(yáng)明也不例外，只是由于性格的關(guān)系，他比較不注意避嫌罷了。

王陽(yáng)明的懼內(nèi)也是后世文人難以理解的一點(diǎn)。沈德符在《萬(wàn)歷野獲編》中曾經(jīng)納悶地說(shuō)：“吾浙王文成之立功仗節(jié)，九死不回，而得嚴(yán)事夫人，唯諾恐后。”陽(yáng)明為天下景仰的真男子、大丈夫，竟然懼內(nèi)，確實(shí)令后人感到奇怪，以至于錢(qián)鐘書(shū)先生在《圍城》中也曾經(jīng)借董斜川之口說(shuō)王陽(yáng)明怕老婆。最近有人指出，陽(yáng)明的懼內(nèi)確是事實(shí)，并有其難言之隱。

弘治元年（1488），陽(yáng)明17歲（其實(shí)尚未滿(mǎn)16周歲）奉父命往南昌完婚。夫人諸氏，是江西布政司參議諸養(yǎng)和的女兒。各種跡象表明，陽(yáng)明與妻子的關(guān)系十分微妙，甚至可以說(shuō)很不和諧。新婚之夜，王陽(yáng)明便徹夜未歸。據(jù)說(shuō)他當(dāng)時(shí)去了一個(gè)叫鐵柱宮的道觀，與觀中道士談起了養(yǎng)生之道，以至忘了自己的洞房花燭夜，直到岳父派遣人員到處找他，從鐵柱宮把他“捉拿歸案”。再如在為岳父所作的祭文中，陽(yáng)明曾公然表示愧意：“我實(shí)負(fù)公，生有余愧；天長(zhǎng)地久，其恨曷既?！敝钡郊尉杆哪暾?，諸氏去世時(shí)兩人之間也沒(méi)有留下子女。