2000年，首次拍攝電視劇《黃沙下面是沃土》，飾演一個反派角色。該劇在大二拍攝，在央視八套播出。2001年，成為了一名話劇演員，演出畢業(yè)話劇《翠花上酸菜》，在當時北京話劇舞臺掀起了“惡搞”的第一波浪潮，催生出五六個“翠花”系列作品（包括“翠花”系列、“麻花”系列、“韭菜花”系列）。更主演了英達導(dǎo)演的《歡樂青春》，劇集因為被美國時代華納集團總裁買斷版權(quán)，而被國內(nèi)禁播，使此后的鄧超走上和喜劇迥然不同的正劇之路。

2002年，鄧超拍攝首部擔任主角的電視劇《少年天子》，飾演了順治帝福臨，劇集由編劇劉恒編導(dǎo)，原著獲第三屆茅盾文學(xué)獎，該劇的熱播也讓鄧超被世人所熟知。這部歷史電視劇也讓鄧超成了“皇帝專業(yè)戶”。同年，畢業(yè)成為中國國家話劇院演員，從此落戶北京。演出《少年天子》后也簽約了其出品方廣州東方明珠文化傳播有限公司，合約期至2007年。

2003年，鄧超再次出演了同類型劇集《少年康熙》，劇集被廣電局指定安排在兩會期間播出。2004年，加上《天下第一》《明末風(fēng)云》已連續(xù)出演四個不同的皇帝角色，鄧超的演技使得四個性格特征完全不同的帝王角色在細微處有了區(qū)別。

2005，鄧超跨入一線明星行列。憑借高希希導(dǎo)演的軍旅劇《幸福像花兒一樣》成功轉(zhuǎn)型，劇集榮獲飛天獎、金星獎、學(xué)院獎、北京文藝獎等獎項，其中鄧超扮演的白楊是一個玩世不恭的紈绔子弟，性格充滿缺點卻被鄧超演繹出真實的魅力。