三峽工程將會對周邊生態(tài)造成沖擊，因為有大壩阻隔，魚類無法正常通過三峽，它們的生活習性和遺傳等會發(fā)生變異。三峽完全蓄水后將淹沒560多種陸生珍稀植物，但它們中的絕大多數(shù)在淹沒線以上也有分布，只有疏花水柏枝和荷葉鐵線蕨兩種完全在淹沒線以下，現(xiàn)均已遷植。

2、人文

在水庫滿蓄水后，三峽的峽谷感將會受到一定程度削弱，同時三峽周邊在古代是巴文化和楚文化的交匯地。水庫淹沒區(qū)已探明的文物點有1200多個，從1992年起文物部門便開始進行搶救性發(fā)掘，預計可在2009年蓄水完成前搶救、保護完畢。

此外，政府還對其中的全國重點文物保護單位和其他重要古建筑文物設立專案、撥給?？钣枰员Ｗo。

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