隨著西方國(guó)家率先掌握了遠(yuǎn)洋捕鯨技術(shù)，明治政府擔(dān)心日本近海會(huì)出現(xiàn)了美國(guó)、英國(guó)、俄國(guó)等國(guó)捕鯨船的頻現(xiàn)與活躍，1897年（明治30年）頒布了《遠(yuǎn)洋漁業(yè)獎(jiǎng)勵(lì)法》，加快了日本捕鯨的現(xiàn)代化。

有統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示，1908年活躍在日本的捕鯨公司多達(dá)12家，捕鯨船28艘。明治政府認(rèn)識(shí)到有必要將日本近海的鯨魚(yú)數(shù)量保持在一定頭數(shù)范圍，避免過(guò)度競(jìng)爭(zhēng)，1902年頒布了《鯨漁取締規(guī)則》，將全日本的捕鯨船控制在30艘以?xún)?nèi)。

進(jìn)入昭和時(shí)代以后，母船式遠(yuǎn)距離捕鯨技術(shù)開(kāi)始投入實(shí)踐，當(dāng)時(shí)的日本捕鯨株式會(huì)社（現(xiàn)在的日本水產(chǎn)株式會(huì)社）、大洋捕鯨株式會(huì)社（現(xiàn)在的Maruha Corporation）開(kāi)始在南極捕殺白長(zhǎng)須鯨捕鯨，主要用來(lái)生產(chǎn)供出口的鯨油以便獲得外匯。

第二次世界大戰(zhàn)期間，更多的捕鯨船被征用于軍事，母船式捕鯨一度中斷。但在1946年，日本又開(kāi)始重建船只，捕殺鯨魚(yú)用于肉食和出口鯨油，捕鯨船隊(duì)急速擴(kuò)張，最多多大7大船隊(duì)，1950年代末期成為世界最大的捕鯨國(guó)。

IWC于1982年決定暫停商業(yè)捕鯨，日本作為組織成員之一，在多方夾擊下于1988年起停止商業(yè)捕鯨。但科學(xué)研究卻轉(zhuǎn)而成為日本持續(xù)捕殺鯨魚(yú)的借口，做法惹來(lái)諸多爭(zhēng)議。2025年安倍政府將持續(xù)的科研捕鯨納入法律，以期重啟商業(yè)捕鯨，更是獲得擁護(hù)者大力支持。

2026年02月03日，日本政府基本決定退出國(guó)際捕鯨委員會(huì)，重啟商業(yè)捕鯨，最快將于下周退出方針。