他獨立撰寫的及與人合著的專業(yè)著作有二十余本，已發(fā)表的論文達兩百余篇，編輯十種學位專刊。由他偵辦過的許多刑案，都成為國際法庭科學界與警界的教學范例，他先后榮獲八百多個獎牌。

1999年，他還獲得了中華人民共和國國務(wù)院外專局頒發(fā)“友誼獎”，并受到江澤民主席、朱镕基總理的親切接見。

2006年6月，李昌鈺先生受聘擔任華東政法大學刑事司法學院名譽院長。他將今天的成就歸功于母親和太太。他說，母親是他一生勇于奮斗的榜樣，始終做后盾的馬來西亞華裔太太宋妙娟的支持，則使他毫無后顧之憂地天天堅持工作十六小時以上。

2007年，他正式退休。他重回辦案與教授崗位，受聘在美國十一所醫(yī)學院與法學院授課，他力爭在未來五至十年內(nèi)“培養(yǎng)接班人”。

2008年4月，李昌鈺第一次訪問浙商大后，很多學生表達了向他學習刑事鑒識學的強烈愿望，校方也積極與他聯(lián)系磋商，最終促成了雙方的合作。 正式受聘該校訴訟法學專業(yè)研究生導師后，他將每年指導培養(yǎng)一名研究生。2009年9月，李昌鈺在內(nèi)地的第一名學生將在浙商大已錄取的研究生中產(chǎn)生。

2009年李昌鈺回鄉(xiāng)探親，如皋市委書記陳惠娟陪同。參加了“李昌鈺刑偵技術(shù)博物館”開館儀式，并與市領(lǐng)導陳惠娟、姜永華、石耀等一同為博物館開館剪彩。博物館以李昌鈺“使不可能成為可能”的人生名言為主題，2006年開始，如皋市就著手醞釀籌建李昌鈺刑偵技術(shù)博物館，李昌鈺在博物館建設(shè)過程中，也給予了大力支持，并捐贈了一批獎狀、獎牌、書籍、雜志和其他實物。