“北京人”化石發(fā)掘出來后一直存放在北京協(xié)和醫(yī)院地下冷藏庫中。但是，1937年，日本發(fā)動全面侵華戰(zhàn)爭。外國考古專家呼吁決不能讓“北京人”化石落入日本人手里，而日本人早就想把化石據(jù)為己有。于是，當(dāng)時的國民政府就和美國達(dá)成一致意見，把化石運往美國保存，戰(zhàn)事結(jié)束后再運回中國。

時間一直拖延到了珍珠港事件前期，北京猿人化石才從協(xié)和醫(yī)院調(diào)出并裝箱運往美國大使館，而后由美軍軍艦運輸完成此項任務(wù)。然而，不幸的是軍艦在來中國的途中竟然撞上了暗礁，沉沒于海底。后來日軍在秦皇島找到了運送存放猿人的箱子，不過，令人驚奇的是箱子竟然是空的。為什么會是空的，化石哪兒去了？一直到現(xiàn)在都沒有找到。

有人說是被日本人奪去并暗地藏起來，對外便說失蹤了。考古學(xué)家們因此念念不忘，有人多次到日本探查化石的下落，不過卻毫無收獲，也許是因為私人暗訪太多的緣故。戰(zhàn)后，日本成為戰(zhàn)敗國，被美軍控制，美國于是也在日本尋找“北京人”化石，最后也無果而終。化石藏于日本的可能性很大，但為何至今沒有任何消息，日本人難道會把化石埋到地下？

第二種說法是被美國人得到了。據(jù)說美國人早就知道日本對此也有非分之想，于是先一步做了手腳，然后就栽贓日本人。美國人有充分的時間和極佳的機(jī)會進(jìn)行偷梁換柱。“北京人”化石裝箱后就運往美國大使館，等待軍艦來運輸，這期間美國人搬出真正的化石隱藏起來或秘密運到美國，用一個空箱子誘惑日本人去搶，最后就順理成章地?fù)碛辛恕氨本┤恕被?