遼朝：遼朝早期就與中原封建王朝有了接觸，太宗入汴后，沿置樞密使這一官職。世宗即位后，參用國俗，沿用中原五代樞密官制，與原有契丹官制相結(jié)合，始設(shè)北樞密使（契丹樞密使）和南樞密使（漢人樞密使），分主“蕃事”和“漢事”，北南樞密院的建制也隨之逐步完善起來，成為遼代最高朝官。

元朝：元世祖至元七年（公元1270年）定制， 在中書省之下設(shè)吏、戶、禮、兵、刑、工六部。其中吏、戶、禮、刑、工五部之職掌略如宋、金，唯有兵部所掌特異前代，可見兵部所掌皆為政務(wù)，而元代之軍務(wù)則統(tǒng)歸樞密院掌之。

蒙古建國之初，由大汗及宗王各自統(tǒng)率軍兵，怯薛協(xié)助處理軍務(wù)，并無專設(shè)總領(lǐng)全軍的機構(gòu)。元朝建立之后，沿宋、金舊制，于中統(tǒng)四年（公元1263年）五月，設(shè)樞密院，專掌軍務(wù)。元代確有樞密院使其官。但這一職務(wù)不授于一般大臣，倒由皇太子領(lǐng)其虛銜，而握實權(quán)者，則是同知樞密院事、樞密院副使等官。

元代制度，管軍政及武器的官吏專由蒙古人任之，色目人已極少，而漢人、南人更是絕少，除非是極信任之人。元初（即至元元年至四年）趙壁與史天澤兩人任過短期的樞密院副官。

樞密院建置之初，以皇子真金為院使，其下僅置副使2人，僉書樞密事1人。至元七年（公元1270年），在副使之上置同知樞密院事1人，僉書樞密院事之下，置院判1人，機構(gòu)漸趨完備。至元二十三年（公元1286年），增置僉書樞密院事1人。次年，在同知樞密院事之上置知樞密院事1人，為該院之首官。此后，員額雖有增減，但設(shè)官則無變化。