明崇禎元年（1628年），徐光啟官復(fù)原職，此時農(nóng)書完成初稿，但由于忙于負(fù)責(zé)修訂歷書，無暇顧及，直到死于任上。便由他的門人陳子龍等人負(fù)責(zé)修訂，于崇禎十二年（1639年），亦即徐光啟死后的6年，刻板付印，并定名為《農(nóng)政全書》。全書分為12目，共60卷，50余萬字。12目中包括：農(nóng)本3卷，田制2卷，農(nóng)事6卷，水利9卷，農(nóng)器4卷，樹藝6卷，蠶桑4卷，蠶桑廣類2卷，種植4卷，牧養(yǎng)1卷，制造1卷，荒政18卷。

軍事：軍事思想

徐光啟認(rèn)為農(nóng)業(yè)為富國之本，正兵為強國之本，所以徐光啟一貫重視軍事科學(xué)技術(shù)的研究。徐光啟便在《擬上安邊御虜疏》中提出了“設(shè)置險阻、整頓車馬、儲備軍事器械、打造將帥之才、訓(xùn)練戎卒、嚴(yán)格制度、賞罰分明”，但他認(rèn)為這些都不過是“世俗之談，國家的想法”。

他御敵疏的中心內(nèi)容則是“在這么多話中，有兩句非常重要。一句是求精，一句是責(zé)實。一旦求精，就有深謀遠(yuǎn)慮的人互相學(xué)習(xí)，不隨時間逝去；一旦責(zé)成事實，就會忠君愛國之士為國家考慮，十倍于賈誼也未嘗不可。”“求精”和“責(zé)實”是徐光啟軍事思想的核心。

練兵

徐光啟大力宣揚管仲“八無敵”（材料、工藝、武器、選兵、軍隊的政教素質(zhì)、練兵、情報、指揮）和晁錯的“四預(yù)敵”（器械不利、選兵不當(dāng)、將不知兵、君不擇將”）。做到“八無敵”即可無敵于天下，如果是“四預(yù)敵”則兵無不敗。據(jù)此他提出了“極求真材以備用”。

“極造實用器械以備中外守戰(zhàn)”，“極行選練精兵以保全勝”，“極造都城萬年臺（炮臺）以為永永無虞之計”，“極遣使臣監(jiān)護朝鮮以聯(lián)外勢”《徐光啟集·遼左陷危已甚疏》。這些辦法和措施，都是“八無敵”、“四預(yù)敵”思想與“求精”、“責(zé)實”精神相結(jié)合的產(chǎn)物。尤其值得提及的是，徐光啟和當(dāng)時的登萊巡撫袁可立都是積極主張從戰(zhàn)略上強化對朝鮮控制的少數(shù)軍事戰(zhàn)略家。