萬歷三十年（1602年），禮部給事中張問達秉承首輔沈一貫的旨意上奏神宗，攻訐李贄。最終以“敢倡亂道，惑世誣民”的罪名在通州逮捕李贄，并焚毀他的著作。

李贄入獄后，他坦然說道：“名山大壑登臨遍，獨此垣中未入門。病間始知身在系，幾回白日幾黃昏?！焙髞砺犝f朝廷要押解他回福建原籍，他感慨地說：“我年七十有六，死以歸為？”三月十五日，李贄留下一偈：“壯士不忘在溝壑，烈士不忘喪其元?！币蕴臧l(fā)為名，奪下理發(fā)師的剃刀割斷自己的喉嚨而死，享年76歲。

死后，馬經(jīng)綸把他收葬于北京通州北門外馬寺莊迎福寺側(cè)（現(xiàn)北京通州西海子公園內(nèi)），今墓地尚在，被列為北京市文物保護。

萬歷三十八年（1610年），李贄的學(xué)生汪可受，以及梅掌科、蘇侍御捐銀錢為其樹碑。據(jù)說“卓吾血流二日以歿，慘聞晉江，士庶甚閔，于晉江西侖作溫陵先師廟，頗奉香火，后毀于兵燹?！?/p>

李贄的思想主張是什么？

李贄以孔孟傳統(tǒng)儒學(xué)的“異端”而自居，對封建社會的男尊女卑、重農(nóng)抑商、假道學(xué)、社會腐敗、貪官污吏，大加痛斥批判，主張“革故鼎新”，反對思想禁錮。

1、學(xué)術(shù)上，李贄對統(tǒng)治階級極力推崇的程朱理學(xué)大加鞭撻，否認孔孟學(xué)說是萬世之至論；

2、道德上，李贄批判傳統(tǒng)道德，提倡男女平等，追求個性發(fā)展；

3、哲學(xué)上，李贄否定了“天理”的存在，提出“萬物皆生于兩氣”的觀點。