咸豐十一年（1861年）辛酉政變后，奕訢被授予議政王，在軍機(jī)處擔(dān)任領(lǐng)班大臣，軍機(jī)處的權(quán)力大大提升。同時(shí)，自此直到裁撤軍機(jī)處，由親王擔(dān)任領(lǐng)班軍機(jī)大臣便成為慣例。所以慈禧太后與奕訢之間在權(quán)力上的矛盾、斗爭日漸顯露出來。隨著太平天國的失敗，清廷政局逐漸穩(wěn)定下來，慈禧太后的統(tǒng)治地位也日趨鞏固，于是就處心積慮地要削弱奕訢的權(quán)力。

同治四年（1865年），她以奕訢“目無君上”、“暗使離間”等罪名，下詔革除其一切差事。后出于政治需要，采取先打后拉的手法，仍令奕訢管理總理衙門，接著又恢復(fù)他的領(lǐng)班軍機(jī)大臣職務(wù)，但取消了議政王的稱號(hào)。從此，慈禧太后大權(quán)獨(dú)攬，軍機(jī)處和軍機(jī)大臣的權(quán)力被削弱。

光緒十年（1884年），中法戰(zhàn)爭失利，奕訢受到“言路交章論劾”。慈禧太后乘機(jī)將奕訢等軍機(jī)大臣全體罷黜，把他及其勢力從軍機(jī)處和總理衙門全部清洗出去。更換了醇親王奕譞、禮親王世鐸、慶親王奕劻等管理軍機(jī)處，史稱“甲申易樞”。奕劻、奕譞、世鐸的行政能力遠(yuǎn)不如奕訢，但是對慈禧太后惟命是從。所以，“甲申易樞”后，慈禧太后的權(quán)勢進(jìn)一步擴(kuò)大，軍機(jī)處也變?yōu)榇褥蠼y(tǒng)治的工具。

那么軍機(jī)處是什么時(shí)候廢除的呢？

宣統(tǒng)二年（1910年）九月，各省代表在資政院會(huì)議上提出要求頒布憲法、組織內(nèi)閣、開設(shè)議院等要求，而且奉天的代表要求第二年就召開國會(huì)，并認(rèn)為軍機(jī)大臣責(zé)任不明，要求設(shè)立責(zé)任內(nèi)閣。