從晚清宣統(tǒng)元年（1909年）國庫房損壞搬出存放后，幾經(jīng)遷徙、幾易主人，潮濕腐爛、鼠吃蟲蛀，損失極為嚴(yán)重。其中一次主管者——?dú)v史博物館以經(jīng)費(fèi)缺乏，曾以大洋4000元的價格將此8000麻袋總計15萬斤的檔案賣給造紙商拿去造紙。

著名考古學(xué)家馬衡大聲疾呼，由傅斯年呈請中央研究院院長蔡元培先生做主，才以1.8萬元將這批幾乎要進(jìn)造紙廠的檔案買下，然而已由15萬斤減為12、3萬斤，少了2萬多斤。搶救下這批十分珍貴的檔案材料，傅斯年是有大功的。

三、考古研究

傅斯年參與了科學(xué)發(fā)掘河南安陽殷墟的工程。傅斯年極重視史料和新史料的獲得。他在《歷史語言研究所之工作旨趣》中說：“（一）能直接研究材料，便進(jìn)步；凡間接的研究前人所研究或前人所創(chuàng)造之系統(tǒng)，而不繁豐細(xì)密的參照所包含的事實(shí)，便退步?！ǘ┓惨环N學(xué)問能擴(kuò)張他研究的材料，便進(jìn)步，不能的便退步?！彼匾暻鍣n案的搶救整理和殷墟的發(fā)掘，目的都在取得新材料，擴(kuò)張新材料。他有一句名言：“上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西?！?/p>

在傅斯年領(lǐng)導(dǎo)史語所的同仁科學(xué)發(fā)掘河南安陽小屯殷墟之前，殷墟甲骨片的出土已有30多年的歷史。19世紀(jì)末葉，安陽一帶的農(nóng)民在耕地時偶然發(fā)現(xiàn)了一些甲骨片，藥材商人便當(dāng)做龍骨來收購，引起學(xué)者的注意。

19世紀(jì)末和20世紀(jì)初，先后出版了劉鶚的《鐵云藏龜》、孫貽讓的《契文舉例》、羅振玉的《殷墟書契》等。其后，王國維利用甲骨文研究商朝歷史，寫出《卜辭中所見殷先公先王考》和《殷周制度論》等名作。