7月6日，細川高國迎義晴上洛，8月29日行參賀之禮。朝廷接受高國的建議，于11月25日任命足利義晴為右馬頭。12月24日義晴元服后，次日就被任命為第12代將軍。

二、近江幕府（桑實寺等）

大永6年（1526年），細川高國的家臣香西元盛被殺，細川氏內(nèi)部糾紛因此而起。與高國對立的細川晴元，在阿波國人三好元長的援助下，擁立義晴之弟義維，并與高國開戰(zhàn)。

元盛的被殺后，其兩位兄長波多野稙通、柳本賢治等叛離高國。大永7年（1527年），桂川原之戰(zhàn)中細川高國被打敗，細川晴元及實權(quán)掌握者三好元長等人攻入京都。足利義晴與細川高國、武田元光等人逃亡至近江國（今滋賀縣）。

享祿元年（1528年），在近江國人朽木稙綱的幫助下居住在朽木（興圣寺），以若狹守護武田元光等軍事勢力為后盾，同三好元長所擁立堺公方足利義維對立。享祿4年（1531年），細川高國在中島之戰(zhàn)中被打敗，不久又在大物崩中兵敗自殺身亡。

戰(zhàn)后細川晴元與三好元長對立。天文元年（1532年），細川晴元聯(lián)合本愿寺的一向一揆對抗三好元長（享祿天文之亂），足利義晴移駕近江國的桑實寺，試圖回到京都。

晴元在得到本愿寺之協(xié)力下廢去堺公方義維，三好元長也被殺。天文3年（1534年）在六角定賴、六角義賢父子為后援下，義晴得歸回京中。