在后續(xù)海戰(zhàn)中，豐臣秀吉改變了戰(zhàn)術(shù)，采取陸海共同防御戰(zhàn)，李舜臣后來所有的攻擊均被日軍擊退（熊浦，唐項浦，永登浦等）。

1597年，日本施反間計使其受誣告而被革職下獄后，調(diào)集重兵再犯朝鮮。朝鮮水軍在庸將元鈞指揮下幾遭全滅。9月，他重被起用后，重整艦隊，10月鏖戰(zhàn)于鳴梁海峽，以14艘艦船，100艘改裝民船擊退133余艘敵艦，影響日軍西進企圖。（該戰(zhàn)役有爭議，這里采取朝鮮說法）

隨后移師古今島（今莞島），建立海軍基地。1598年10月19日，他曾率兵參加順天城之戰(zhàn)，在進攻中，曾一度被日軍用火攻圍困住，靠其他人的救援才得以逃出，朝鮮將領(lǐng)黃世得被殺，李舜臣再次敗退。

之后同陳璘、鄧子龍率領(lǐng)的明朝水軍組成聯(lián)合艦隊，對敵加強進擊并實施海上封鎖。

李舜臣的結(jié)局如何？

1597年10月26日，日軍以133艘戰(zhàn)船的兵力向朝鮮水師發(fā)起進攻，在敵我雙方兵力十分懸殊的情況下，李舜臣胸有成竹，沉著應戰(zhàn)。他先派出一艘戰(zhàn)船進攻敵艦，將大批敵艦引入鳴梁海峽。

不久，潮水退落，敵艦被暗設(shè)的鐵索；木樁所阻，無法駛出。李舜臣即派水師反攻，以14艘戰(zhàn)船和100艘改裝民船撞破敵船30多艘，日軍損失十余人。

這就是朝鮮歷史上著名的“鳴梁大捷”（這場戰(zhàn)役有爭議，這里采取朝鮮說法）。隨后李舜臣移師古今島（今莞島），建立基地。