慧遠(yuǎn)所處的時(shí)代，正是“城頭變幻大王旗”的時(shí)代，但他仍然追隨道安到處宣傳佛教理念。4世紀(jì)中葉，前秦苻堅(jiān)統(tǒng)一了北方，準(zhǔn)備向南進(jìn)軍，消滅東晉，實(shí)現(xiàn)全國(guó)的統(tǒng)一，時(shí)局正處于風(fēng)云變幻時(shí)期，慧遠(yuǎn)跟隨道安法師到當(dāng)時(shí)屬于東晉管轄的襄陽(yáng)宣揚(yáng)佛法。

后襄陽(yáng)被前秦軍隊(duì)攻陷，信奉佛教的苻堅(jiān)命令前秦軍隊(duì)扣留道安法師，道安便遣散徒眾到各地去傳教。臨行前，道安對(duì)弟子們一一給以誨勉，唯獨(dú)對(duì)慧遠(yuǎn)不發(fā)一言?；圻h(yuǎn)跪在師前問(wèn)道：“唯獨(dú)不給我什么教誨，是認(rèn)為我不值得教導(dǎo)嗎？”道安說(shuō)：“像你這樣的人，難道還有什么可以擔(dān)憂的嗎？”于是，慧遠(yuǎn)等一行十余人告別了道安，南下荊州。從此，慧遠(yuǎn)終生再也未得與道安師傅相見(jiàn)。

慧遠(yuǎn)告別恩師，率領(lǐng)弟子數(shù)十人往廣東羅浮山。途中經(jīng)過(guò)江西潯陽(yáng)時(shí)，慧遠(yuǎn)愛(ài)惜廬山幽靜秀麗而閑曠，于是在此落腳弘揚(yáng)佛法，后來(lái)在他人幫助下建立了東林寺。

慧遠(yuǎn)隱居廬山從事佛教事業(yè)長(zhǎng)達(dá)年，這是他一生中最重要、最輝煌的時(shí)期。一方面慧遠(yuǎn)幾乎是足不出戶，潛心研究，形成了自己的理論基礎(chǔ)。在研讀經(jīng)典過(guò)程中，他感到當(dāng)時(shí)南方佛經(jīng)很不齊備，禪法無(wú)聞，律藏殘缺，就派遣弟子法凈、法領(lǐng)等人遠(yuǎn)度蔥嶺，尋求佛經(jīng)。

這些弟子跋山涉水，歷盡艱辛，從西域帶回《方等》新經(jīng)二百余部，得以傳譯。另一方面，他虛心求學(xué)，能夠注意兼容并蓄，僧伽提婆南游廬山，慧遠(yuǎn)請(qǐng)譯《阿毗曇心經(jīng)》和《三法度論》，并作序提倡，由此開(kāi)南方毗曇學(xué)的端緒。他致書(shū)曇摩流支請(qǐng)求補(bǔ)譯《十誦律》，使佛典律類著作有較完備的譯本。他還派人去邀請(qǐng)覺(jué)賢禪師到廬山，此舉推動(dòng)了南方禪法的流行。