一是增加了山門，二是拆除二十五處房頭住房，集中在寺院山墻東西兩側，加蓋寮房。另外，對天王殿、大雄寶殿、法堂等做了翻修。總之，乾隆初年的大修大建，奠定了今日少林寺的格局。

雍正帝為什么一方面要撥銀兩整修少林寺，另一方面又主張由京城派人擔任少林寺住持，而且要求將門頭二十五房拆毀、加修圍墻呢？這可能和歷史上的“西魯故事”有關。

嘉慶十六年1811年，清政府在廣西東蘭州今東蘭縣姚大羔家查獲天地會《會簿》一件?！稌尽酚浭隽颂斓貢?chuàng)立的一段悲壯歷史，這就是著名的“西魯故事”，大意是說：少林寺僧曾幫助康熙皇帝打退西魯人入侵，而未受朝廷的封賞。他們回少林寺后，卻遭到奸臣陷害，寺院被焚，128位和尚大都慘死，只有18人死里逃生。又歷盡艱辛，剩下5人，走向海石連天的長沙灣口。

這時，從海面上漂來白錠香爐一個，他們取來一看，香爐底上有“興明絕清”四字，大受鼓舞，認為命不該絕，決定效法三國時劉、關、張“桃園結義”，乃歃血盟誓，結拜“天地會”，組織反清復明的活動。清初天地會的歷史一直無從考證，但清初少林寺參加反清活動是極有可能的，這從少林寺住持不愿接受清政府的委任，甚至辭去方丈的職位，可以看出線索，從雍正帝處心積慮要搗毀門房、委派住持也可以看出端倪，至于撥給銀兩建寺，那只不過是軟硬兼施的手段而已，但清初帝王的確沒有像人們傳說中那樣搗毀寺廟、屠盡寺僧。