許多考古專家對瑪雅人消失之謎做出了許多猜測，有認為是疾病原因的，有人認為是因為戰(zhàn)爭，還有人說是氣候原因，總之各種各樣的說法給瑪雅文明涂上了濃厚神秘的色彩。

為了解開這些疑問，在20世紀90年代初，一支由許多專家、學者組成的科考隊踏遍了馬拉佩藤雨林地區(qū)，他們花費幾年的時間對約200處的瑪雅文明遺址做了考察，最后做出了一個結論：瑪雅人是因為內(nèi)部戰(zhàn)亂、自相殘殺而毀滅的。

據(jù)他們調(diào)查說，瑪雅人并非是一個很熱愛和平的民族，在公元300～700年的鼎盛時期，瑪雅貴族們經(jīng)常因為爭權奪勢而互相攻擊，僅有10%的人幸存下來。公元761年，瑪雅社會隨著彼拉斯城的王宮覆滅而漸漸衰落。彼拉斯城王宮作為當時的中心城邦，經(jīng)常遭到周邊敵人的攻擊。

到公元820年以后，那里已經(jīng)荒蕪人煙，瑪雅人舍棄了他們居住了上千年的土地，再也沒有回來。

現(xiàn)在有些人認為瑪雅文明的消失是由于氣候原因造成的。近年來，一些專家對宇宙和當?shù)氐膸r石做了觀測和研究，指出在瑪雅社會時期，平均兩個世紀就會出現(xiàn)一次特大旱災，這種現(xiàn)象與天文學家發(fā)現(xiàn)的太陽振動波極為相像。

由于太陽受到宇宙的影響，每隔二百年就會發(fā)生一次振動波，造成溫度高出平常幾十倍的天氣。當時的瑪雅正日漸衰落，根本不能解決高溫天氣造成的干旱問題，從而導致了瑪雅文明的滅亡。當然這些都只是人們的推測。