清順治十年（1653年），設寧古塔昂邦章京。清康熙十二年（1673年），清廷建吉林城，命名“吉林烏拉”，吉林由此得名，隨后寧古塔將軍駐地遷移至吉林市。乾隆五年（1740）頒布了“流民歸還令”，對山海關以東地區(qū)施行封禁政策。但清政府的封禁政策并未能阻止為生活所迫的華北大批漢族農(nóng)民流入吉林省中部一帶，并向北、向東、向西擴展。

1757年，寧古塔將軍改為吉林將軍，“吉林”由原來城邑名稱擴大為行政區(qū)稱謂。吉林將軍轄區(qū)大體包括松花江、綏芬河、牡丹江、圖們江流域，西起開原威遠堡邊門，東至烏蘇里江兩岸和庫頁島在內(nèi)的沿江及海中諸島，北起外興安嶺至日本海及黑龍江下游，南至長白山區(qū)。1800年，增設長春廳，為長春建制之始。1803年（嘉慶八年），清政府廢止禁令。

1860年，中俄簽訂了《中俄北京條約》，原屬吉林省的沿海地區(qū)被割讓給俄國，吉林變成了內(nèi)陸省。1878年（光緒四年）吉林設置墾務局，大事墾殖，經(jīng)濟面貌大為改觀，并逐步形成東部的農(nóng)林地區(qū)，中部的農(nóng)業(yè)地區(qū)和西部農(nóng)牧地區(qū)的差異特點。

1907年，正式建吉林行省，設吉林巡撫（吉林省第一任巡撫為顧肇熙），省會設于吉林市。光緒帝嘗試通過政治改革挽回清朝內(nèi)憂外患的局面，他首先發(fā)布諭旨：裁撤東北三將軍，設立奉天（今遼寧）、吉林、黑龍江三省；改盛京將軍為東三省總督。