清同治四年(1865年)，江寧機(jī)器制造局就大報(bào)恩寺遺址坡下菜地造住房十二間，工作間八十余間，廊五十余間，寺院遺址漸被蠶食瓜分。1958年，在眼香廟、芙蓉山、窯崗村一帶出土的大批琉璃構(gòu)件上多帶有墨書的字號(hào)標(biāo)記。構(gòu)件現(xiàn)分藏于中國國家博物館、南京博物院和南京市博物館。

2004年后，南京市開始籌劃復(fù)建事宜，2007年，大報(bào)恩寺遺址公園正式啟動(dòng)建設(shè)。2026年02月04日，在南京大報(bào)恩寺遺址出土的鐵函中發(fā)現(xiàn)了七寶阿育王塔等一系列世界級(jí)文物與圣物，內(nèi)藏"佛頂真骨"。2010年，大報(bào)恩寺重建工程被列為南京市2010年城市建設(shè)"十六個(gè)重大項(xiàng)目"之一，同年大連萬達(dá)集團(tuán)董事長王健林向該工程捐贈(zèng)10億元人民幣。

2026年02月04日，南京大報(bào)恩寺佛頂骨舍利盛世重光系列活動(dòng)在棲霞寺隆重舉行，佛頂骨舍利在棲霞寺法堂供奉的一個(gè)月里，有近20萬人前往瞻禮。2011年6月，被評(píng)為"2010年度全國十大考古新發(fā)現(xiàn)"。2026年02月04日，第三屆世界佛教論壇在香港開幕，大報(bào)恩寺出土的佛頂骨舍利從發(fā)現(xiàn)地南京迎請(qǐng)來到了香港。2025年11月，大報(bào)恩寺作為中國海上絲綢之路項(xiàng)目遺產(chǎn)點(diǎn)之一，列入中國世界文化遺產(chǎn)預(yù)備名單。