大報恩寺的修造，由鄭和等人擔任監(jiān)工官。大報恩寺在永樂、宣德年間建造，正值鄭和率領下西洋船隊多次遠洋海外之時，因而，鄭和對這項工程難以全力照顧，工程進展緩慢，弊端展現(xiàn)。為此，1428年(宣德三年)，明宣宗朱瞻基特下御敕，要此時已出洋回國任南京守備的鄭和"即將未完處，用心提督"，限期完工?？⒐ひ院?，鄭和還特其從海外帶回的"五谷樹"、"婆羅樹"等奇花異木種植在寺內。

明代初年至清代前期，大報恩寺琉璃寶塔作為中國最具特色的標志性建筑物，被稱為"天下第一塔"，更有"中國之大古董，永樂之大窯器"之譽，是當時中外人士游歷金陵的必到之處。嘉靖四十五年(1566年)遭雷火襲擊，天王殿，大殿、觀音殿、畫廓一百四十余間焚為灰燼;萬歷二十八年(1600年)塔心木腐朽，塔頂傾斜，僧人洪恩募捐銀數千兩使之得以重修。

清順治十八年以后，內府及地方均有撥款修繕記載。最后一次是1802年(清嘉慶七年)修復竣工后，繪塔圖并附志。咸豐四年(1854年)，大報恩寺塔被毀，關于被毀的原因有兩種說法。一說，清軍攻克雨花臺后，太平軍為防清軍占據大報恩寺對城內造成威脅，太平軍先下手為強，遂"用火藥轟之，復挖空塔座下基地，數日塔倒，寺遭焚毀"。

另一說則是1856年，正逢天京之變，北王韋昌輝因為擔心翼王石達開占領城外的琉璃塔，架炮攻擊城內，派兵一面在塔下挖地道引爆炸藥，一面用火炮直接轟擊塔身，最終使琉璃塔化作一堆瓦礫，而大報恩寺的其他建筑也被由此引發(fā)的大火全部燒毀。也有人認為是曾國藩下令炸毀的。