但天王見石達(dá)開深得人心，心生疑忌，將自己的兩個(gè)哥哥封王，對(duì)石達(dá)開百般牽制，甚至意圖加害。為了避免再次爆發(fā)內(nèi)訌，石達(dá)開不得已于1857年5月避禍離京，前往安慶。

1857年9月，天王迫于形勢的惡化遣使持“義王”金牌請(qǐng)石達(dá)開回京，石達(dá)開上奏天王，表示無意回京，但會(huì)調(diào)陳玉成、李秀成、韋俊等將領(lǐng)回援，并以“通軍主將”身份繼續(xù)為天國作戰(zhàn)。

此后，石達(dá)開前往江西救援被困的臨江、吉安，擁戴他的安徽太平軍將領(lǐng)大都留守安徽。因沒有水師，無法渡過贛江，救援行動(dòng)失敗，石達(dá)開又于次年進(jìn)軍浙江，并聯(lián)合國宗楊輔清進(jìn)軍福建，欲開辟浙閩根據(jù)地，與天京根據(jù)地連成一體。

浙江是江浙皖清軍的主要餉源，為阻止石達(dá)開攻浙，清廷急調(diào)各路兵馬增援，最終不得不命丁憂在籍的曾國藩重任湘軍統(tǒng)帥，領(lǐng)兵入浙。太平軍在浙江取得許多勝利，但江西建昌、撫州失守后，入浙部隊(duì)失去了后方，為免四面受敵，石達(dá)開決定放棄攻浙，撤往福建，后又轉(zhuǎn)戰(zhàn)到江西。

石達(dá)開建立浙閩根據(jù)地的努力雖因內(nèi)外矛盾以失敗告終，卻牽制了大量清軍，為太平軍取得浦口大捷、二破江北大營、三河大捷等勝利創(chuàng)造了有利條件。

是冬，石達(dá)開經(jīng)與部將會(huì)商，決定進(jìn)攻湖南，取上游之勢，再下趨湖北，配合安徽太平軍作戰(zhàn)，并伺機(jī)分兵入川。

1859年春，石達(dá)開自江西起兵入湘，發(fā)動(dòng) “寶慶會(huì)戰(zhàn)”。彼時(shí)湘軍正計(jì)劃分兵三路進(jìn)攻安慶，聞石達(dá)開長驅(qū)直入湖南腹地，軍心全線動(dòng)搖，只得將因勢利導(dǎo)，全力援湘。面對(duì)湘軍的重兵馳援，石達(dá)開孤軍作戰(zhàn)，未能攻克寶慶，被迫退入廣西休整。