1644年，明思宗朱由檢殉國后，同年五月朱由崧被四鎮(zhèn)擁立于南京，改元“弘光”，建立南明政權(quán)。1645年，清軍兵臨江南，攻陷南京后遂即廢除國都地位，改應(yīng)天府為江寧府，成為江南省省府。南京成為統(tǒng)轄今江蘇（含上海）、安徽和江西三省軍民政務(wù)的兩江總督都署駐地。在經(jīng)濟方面南京也具有相當(dāng)?shù)闹匾?，在南京設(shè)立的規(guī)模龐大的江寧織造府，生產(chǎn)絲織品以供應(yīng)皇家需求。

南京與鴉片戰(zhàn)爭《南京條約》

1842年鴉片戰(zhàn)爭戰(zhàn)敗后，同年8月清政府在南京下關(guān)江面的英國軍艦“康華麗”號上簽訂中國近代史上第一個不平等條約《南京條約》，中國近代史由此開始。1853年太平軍攻克南京，建立太平天國，改稱天京，建都11年。這是中國歷史上第一次在南方興起而波及全中國的農(nóng)民戰(zhàn)爭，也是世界歷史上規(guī)?？涨暗囊淮无r(nóng)民戰(zhàn)爭。

國民政府定都南京

1911年12月29日，起義的17省代表在南京選舉孫中山為臨時大總統(tǒng)，中華民國建立。1912年元旦，中華民國臨時政府在南京成立，孫中山宣誓就任臨時大總統(tǒng)。1927年3月24日，國民革命軍北伐攻克南京。4月18日在成立南京國民政府，定南京為首都，同年置南京特別市。1930年改為院轄市（直轄市）。

1927年至1937年定都南京的這十年被稱作中國的“黃金十年”，期間南京進行大規(guī)模的首都建設(shè)，奠定了南京現(xiàn)代城市發(fā)展的良好基礎(chǔ)。到1937年，南京城市人口增加到100萬以上，為中國六大城市之一。