出于對湯若望和南懷仁的信任以及清朝官員沒有國際法的概念，康熙對同為傳教士的徐日升和張誠賦予重任，派遣派遣徐日升和張誠作為中國使團(tuán)的成員，還將自己的袍褂賜予徐日升，又為張誠特制了一件，并授予他們?nèi)讽敶?。皇帝囑咐索額圖和佟國綱說：“朕鑒于所用西人，皆忠貞可靠，足資信賴，特令徐日升隨爾前往俄國?！币麄兣c二教士同桌就餐，重要的事情要與之商量。

此行極為不順甚至不得不折返京，后來中俄雙方經(jīng)過磋商，同意在尼布楚重開談判。中方再次組團(tuán)于1689年6月離京。鑒于形勢有所逆轉(zhuǎn)，康熙授意索額圖在劃定邊界上可以稍稍作些讓步，即如果俄方堅持，可以讓出尼布楚，而以額爾古納河為界。與上次相同，徐日升和張誠隨團(tuán)前往。

7月13日，中國使團(tuán)抵達(dá)亞布楚，俄國使團(tuán)已在此等候。費耀多羅·亞歷克塞耶維奇·戈洛文為俄國全權(quán)使臣。經(jīng)過2個月的談判，在徐日升和張誠的協(xié)助下，中方放棄了貝加爾湖以東的一些領(lǐng)土，但換取俄方撤離雅克薩的讓步，最終于9月7日正式簽訂了《尼布楚條約》。

然而這些傳教士并沒有康熙認(rèn)為的那樣忠誠。

來自比利時的南懷仁有開辟一條歐亞陸地交通線的打算。這一方面是因為海上交通線極不安全。1680年的統(tǒng)計數(shù)字表明，在那之前被派往中國的600名傳教士中，只有大約100人安全到達(dá)。而另一方面則是為了減少對葡萄牙人的過分依賴。因為從歐洲到遠(yuǎn)東的航線是控制在葡萄牙人手里的。所以南懷仁希望耶穌會士在中俄談判中發(fā)揮作用，達(dá)成一項“雙贏”的和平協(xié)議。雙方都將感謝耶穌會士的功勞，而俄國最后會開放西伯利亞這條通道。

因此，南懷仁在中國準(zhǔn)備對侵略黑龍江流域的沙俄軍隊進(jìn)行反擊前，向俄國來華使臣提供偷竊的機(jī)密地圖和情報，鼓動俄國擴(kuò)大對華戰(zhàn)爭，并表示，“為了基督教，將盡力為沙皇效力”。1686年，他致信俄國使臣“我認(rèn)為如果俄國大使先生們來時，那怕只帶一名懂拉丁語的人，這對大會也是有利的。在談判過程中，耶穌會士力爭使用拉丁語?！?