雖然他沒有提出正式的分類（法），但是他按一定的標準對動物進行了分類，而且他對無脊椎動物的分類比兩千年后林奈的分類更合理。在生理學(xué)上他大都采用了傳統(tǒng)觀點因而并不出色。和他的前輩比較起來，他是一個堅定的經(jīng)驗主義者。

他的推論總是植根于他過去的觀察。他在《動物繁殖》（De generatione animalium 760b28）一文中曾明確表示從感官所得到的信息（知識）是首位的，超過理智思考所能提供的信息。在這一方面他和經(jīng)院哲學(xué)家中的亞里士多德派完全不同，后者認為單憑推論就能推論出一切問題。

亞里士多德的顯著特點是追究原因，他并不滿足于僅僅提出“怎樣”的問題，而且還提出“為什么”的問題，這在當(dāng)時來說是非常了不起的。為什么有機體從一個受精卵發(fā)育成完整的成體？為什么生物界中目的導(dǎo)向的活動和行為如此之多？

他清楚地了解僅僅構(gòu)成軀體的原材料并不具備發(fā)展成復(fù)雜有機體的能力。必然有某種額外的東西存在，他稱之為eidos。和柏拉圖所下的定義完全不同，亞里士多德的eidos是程序目的性原則，在他的思想中這詞所表示的意思和現(xiàn)代生物學(xué)家的遺傳程序所表達的完全一樣。

和柏拉圖相反，亞里士多德認為自然物按本身的性質(zhì)而行動，所有的自然現(xiàn)象都是作用過程或過程的表現(xiàn)。由于任何過程都有目的，所以他認為對目的的研究是研究自然的主要組成部分。因此對亞里士多德來說，一切結(jié)構(gòu)和生物性活動都有其生物學(xué)意義，或者就像我們所說的，有其適應(yīng)意義。