這時，錫爾河?xùn)|北的烏茲別克人，乘帖木爾后裔因內(nèi)爭互相削弱之機(jī)，在昔班尼汗的率領(lǐng)下，南取河中地區(qū)（即錫爾河與阿姆河之間的地區(qū)），巴布爾在其逼迫下，無處立足，乃離開費爾干納，經(jīng)希薩爾，南渡阿姆河，于1504年南下阿富汗,入據(jù)喀布爾。

昔班尼汗攻赫拉特，巴布爾赴援，亦因后方喀布爾發(fā)生篡位陰謀，不得不返回。昔班尼汗滅掉赫拉特的帖木爾帝國以后，統(tǒng)治整個霍拉桑。

1510年12月梅爾夫會戰(zhàn)（謀夫戰(zhàn)役）中，昔班尼汗兵敗陣亡。巴布爾趁機(jī)與薩法維帝國伊斯瑪儀一世結(jié)盟，借助波斯軍于1511年10月收復(fù)撒馬爾罕。

但由于巴布爾屈服于波斯的什葉派，得不到信奉遜尼派的河中人民的擁護(hù)，不久被反攻的烏茲別克人打敗。巴布爾退往喀布爾。

1523年，受阿拉姆汗之邀，巴布爾進(jìn)軍旁遮普，攻打德里蘇丹易卜拉欣·洛迪，1525年進(jìn)入北印度1526年在第一次帕尼帕特戰(zhàn)役中，以一萬之眾，打敗伊卜拉欣·洛迪的十萬大軍。宣布自己為印度皇帝。

1527年，巴布爾又在阿格拉以西的康努亞村擊潰印度的諸侯聯(lián)軍。1529年，巴布爾在巴特納打敗比哈爾的阿富汗族首領(lǐng)和伊卜拉欣·洛迪的嗣君，從而奠定莫臥兒王朝的基礎(chǔ)。1530年12月26日，巴布爾死于阿格拉。

巴布爾不但是一個著名君主，而且是一個詩人和察合臺語大師。他寫的回憶錄《巴布爾納瑪》是研究15～16世紀(jì)中亞史和印度史的第一手資料。