1939年9月，希特勒入侵波蘭，第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)。之后在1940年5月，德軍入侵了威廉二世避難的荷蘭，當(dāng)時英國首相丘吉爾邀請威廉二世去英國避難，但是遭到了威廉的拒絕，他不想在曾經(jīng)的對手的庇護(hù)下生活。

據(jù)說德國陸軍占領(lǐng)荷蘭后曾專門派出一隊儀仗隊駐扎在威廉二世的住宅附近，但是希特勒聽說陸軍的這一舉動后，大發(fā)雷霆，下令撤出了這支儀仗隊，并下令所有德國士兵不允許進(jìn)入威廉二世的居住地。

1940年6月5日，威廉二世因肺栓塞發(fā)作在荷蘭的多倫病逝，被葬于多倫莊園。臨死前，這位倔強的老皇帝留下了兩條遺言：一是他死后的葬禮上不許出現(xiàn)納粹的標(biāo)志，另一條是在王朝復(fù)辟前他的遺體不運回德國。

關(guān)于第二個要求，威廉二世滿足了，因為至今他的遺體還安葬在荷蘭。但是第一個要求就沒有被滿足，因為當(dāng)時他的葬禮來了許多德意志帝國時期的德軍將領(lǐng)。由于希特勒和戈培爾有意使他的死不引起注意，威廉二世去世在德國沒有“幾乎沒有引起人們的注意”。