當時在英國流傳著兩句順口溜："蘇格蘭人黑心肝，出賣國王換銅錢。"克倫威爾軍隊處決了查理一世國王，也是今天英國三軍中海軍、空軍都有皇家稱號，唯獨陸軍沒有的原因。

1649年查理一世被處決一事令蘇格蘭方面憤怒，而克倫威爾建立的"護國公"政體則令蘇格蘭不惜與其一戰(zhàn)。蘇格蘭反對建立共和制，堅決擁護國王的權力和合法性，因為他們希望由一個蘇格蘭王族來保持英格蘭的王位。

在蘇格蘭人的邀請下，年輕的查理二世1650年春天乘船離開法國，在愛丁堡登陸，接受了擁護蘇格蘭長老會的"國民誓約"，成為蘇格蘭國王。克倫威爾隨即率兵北進，擊敗了蘇格蘭軍隊，并將蘇格蘭置于喬治·蒙克將軍的軍事占領之下。此后六年間，蘇格蘭失去了獨立王國的地位。

1660年

1660年初，鎮(zhèn)守蘇格蘭的蒙克將軍率兵南下，控制了議會，隨后與流亡國外的查理二世（查理一世的長子）談判。當年5月，斯圖亞特王朝宣告復辟。內戰(zhàn)期間曾與克倫威爾合作無間的蘇格蘭反保王派領袖阿蓋爾侯爵前往倫敦迎接國王，但是被逮捕并送回蘇格蘭，交由當?shù)刭F族和民眾審判，最后因叛國罪而被斬首。查理二世隨后恢復了蘇格蘭王國的獨立地位。

英國倫敦議會大廈前的克倫威爾塑像，克倫威爾在英國國內獲得的評價偏向于負面，在他的軍事獨裁下，蘇格蘭首次短暫失去獨立地位。