林肯政府在軍事上也實(shí)行了改革。早在1862年末，林肯就開始提拔在戰(zhàn)爭中涌現(xiàn)出來的軍事人才。

這些革命措施和軍事改革，大大地增強(qiáng)了北方軍隊(duì)的戰(zhàn)斗力。1863年6月，南部同盟軍羅伯特·李將軍率73000人北上，希望在北方打贏一場戰(zhàn)爭，使歐洲列強(qiáng)承認(rèn)南部的獨(dú)立。米德將軍率聯(lián)邦軍隊(duì)在華盛頓以北的葛底斯堡迎戰(zhàn)。7月1日雙方正式列陣開戰(zhàn)。通過三天激戰(zhàn)，聯(lián)邦軍隊(duì)取得勝利。南軍只得冒著暴風(fēng)雨撤回弗吉尼亞。葛底斯堡戰(zhàn)役是到那時(shí)為止美國歷史上流血最多的一次戰(zhàn)役，是南北戰(zhàn)爭的轉(zhuǎn)折點(diǎn)。聯(lián)邦軍死傷和失蹤2.3萬人，南軍2.8萬人。南軍從此失去戰(zhàn)略主動(dòng)權(quán)，再也沒能向北進(jìn)軍，聯(lián)邦軍隊(duì)則轉(zhuǎn)入了反攻。大約與此同時(shí)，格蘭特率領(lǐng)的聯(lián)邦軍攻克了西部密西西比河上的重要據(jù)點(diǎn)維克斯堡，從而使整條密西西比河都控制在聯(lián)邦軍手中。

4個(gè)月以后，1863年11月19日，林肯總統(tǒng)在葛底斯堡國家公墓落成典禮上發(fā)表了舉世聞名的葛底斯堡演說。他贊揚(yáng)了陣亡的將士們，并激勵(lì)人民為自由的新生和“民有、民治和民享”的政府而奮斗。

1864年初林肯改組軍事領(lǐng)導(dǎo)，實(shí)行統(tǒng)一指揮作戰(zhàn)，任命有卓越軍事才能的格蘭特為“全軍大將軍”（即指揮整個(gè)陸軍的總司令，過去只有華盛頓享有過這個(gè)稱號(hào)）。為了徹底摧毀南部同盟的經(jīng)濟(jì)力量和士氣，格蘭特指示威廉·謝爾曼進(jìn)入南方，以便消滅南軍的有生力量并破壞其作戰(zhàn)資源。1864年9月，謝爾曼的大軍攻下了南方最大的軍事工業(yè)城市亞特蘭大。兩個(gè)月后，他領(lǐng)導(dǎo)進(jìn)行了著名的“向海洋進(jìn)軍”，即從亞特蘭大往東南海邊的薩凡納進(jìn)軍。謝爾曼的6萬多大軍所到之處，燒毀糧食、殺死牲畜和奴隸主的狼狗，搗毀廠房和機(jī)器，把鐵軌燒紅后擰成螺絲形，枕木付之一炬。許多黑人跟著大軍前進(jìn)，南部的奴隸主則驚恐萬狀。在一個(gè)多月的時(shí)間里，他們走完了480多公里路程。12月下旬，大軍攻下了薩凡納。