唐高宗、武則天時期，摩尼教逐漸在安西都護府傳播。武后延載元年（694年），波斯人拂多誕(Mihr-Ohrmazd)將摩尼教傳入中國；唐朝大歷三年(768年)于長安建有大云光明寺。

摩尼教在中國又稱作明教，是因為信徒稱呼他們的神為“明尊”。但摩尼教在初入華時其實并不順利，他們設(shè)法假托佛教之名傳道。在唐玄宗開元期間，吐火羅國王曾獻一慕阇于中國，獲唐室接待。不過，在安史之亂前，該教并未在中華設(shè)寺院，史書反而載有對該教之禁令。據(jù)《通史》所載，玄宗不久以摩尼教“本是邪見，妄稱佛教誑惑黎元”為由，下令中國人嚴禁參與。

摩尼教傳入唐朝的同時，亦于之后不久地傳入回紇，更被后者定為國教。安史之亂后，因回紇自恃助唐平亂有功，摩尼教徒藉回紇的支持，得以在唐國傳教。據(jù)《佛祖統(tǒng)記》載，唐代宗大歷三年，敕準回紇摩尼教徒在長安建摩尼寺──大云光明寺。其后，又應(yīng)回紇之請，于荊州、洪州、越州等州建寺。唐憲宗元和二年（807年），再于河南、太原建摩尼寺二所，并派專員保護。自此以后，摩尼教寺滿布中國境內(nèi)。摩尼教教士隨伊斯蘭教使者來華，他們得到唐帝禮遇，在中國迅速傳播。

后來，摩尼教先于祆教、景教被禁，摩尼教再不能在社會公開傳教，轉(zhuǎn)而在民間秘密流傳，并漸與其他宗教結(jié)合，歷五代兩宋仍不衰。自此與下層的斗爭結(jié)合起來，成為農(nóng)民起義的號召旗幟之一。

五代后梁貞明六年（920年），毋乙、董乙以“末尼”為旗幟，在陳州（今河南淮陽）造反。

后來，北宋徽宗宣和元年（1119年）的方臘之亂和建炎四年（1130年）鐘相起義，元惠宗至正十年（1351年）“明王出世”的韓山童、劉福通起義，都受摩尼教的影響。