自此至1936年4月，全力創(chuàng)建北極閣氣象臺的地面和高空觀測、天氣預(yù)報和氣象廣播等業(yè)務(wù)，推動全國氣象臺站建設(shè)，培訓(xùn)氣象人才，帶頭開拓氣象研究，8年中發(fā)表論著約50篇。并自1929年起屢次被選任為中國氣象學(xué)會會長。

1933年參加第五屆泛太平洋科學(xué)會議中國代表團(tuán)做首席代表，1934年與翁文灝等發(fā)起成立中國地理學(xué)會，1935年派人設(shè)立拉薩測候所，被選為中央研究院評議員。

1936年任浙江大學(xué)校長（兼氣象研究所所長）?？箲?zhàn)爆發(fā)，敵焰迫近杭州時率校西遷江西泰和。西遷中，電告教育部并建議將存浙文瀾閣四庫全書內(nèi)遷。獲同意，由浙江大學(xué)協(xié)助運(yùn)存貴陽。

1938年，敵騎入贛，率校再遷廣西宜山，倡立“求是”校訓(xùn)。1939年冬，敵騎犯桂，12月率校遷黔北。

1940年初定居遵義、湄潭，直至1946年夏復(fù)員返杭。正當(dāng)竺可楨忙于勘察第三次遷校新址時，他的次子竺衡和夫人張俠魂相繼病逝，竺可楨在這突來的打擊下，以極大堅毅忍住精神創(chuàng)痛，順利完成了遷校任務(wù)。

至此6年中，竺可楨銳意發(fā)展浙江大學(xué)，開展科學(xué)研究，提高學(xué)術(shù)與教學(xué)水平，擴(kuò)充院系，設(shè)分校，培植良好學(xué)風(fēng)，使浙江大學(xué)聲譽(yù)大增。

1940年3月15日，竺可楨與陳汲在重慶舉行婚禮。

1940年12月14日，陳汲生一女孩，小名毛毛，大名竺松。

1946年，組織浙江大學(xué)遷回杭州，增設(shè)醫(yī)學(xué)院。他本人被選為國際氣象學(xué)會氣候?qū)W委員，作為中國代表團(tuán)成員之一出席聯(lián)合國教科文組織成立大會。