分全國為若干個大學區(qū)，每區(qū)設立大學一所，區(qū)內的高等專門教育，中、小學教育，社會教育，文化學術事宜均由該大學校組織辦理。

大學的事務，由大學教授組成的教育委員會主持，校長由教育委員會選舉產(chǎn)生。各大學區(qū)大學的校長組成高等教育會議，處理各大學區(qū)間的事務。教育部只負責處理經(jīng)高等教育會議議決而與中央政府發(fā)生關系的事務，及教育統(tǒng)計報告等，不干涉各大學區(qū)事務，教育總長必經(jīng)高等教育會議認可。

這一設想成為南京國民政府初期實施“大學區(qū)制”的框架基礎。

四、大學性質探討

蔡元培認為大學應當成為研究高深學問的學府，這是蔡元培辦學的指導思想，也是他大學教育思想的出發(fā)點。早在1912年5月16日，他以教育總長身份出席北京大學開學典禮，在演說中就提出“大學為研究高尚學問之地?！?/p>

在擔任北京大學校長后，他更是反復申述這一思想。1917年1月9日，他在就任校長的演說中，明確的向學生說明：“諸君來此求學，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學之性質。今人肆業(yè)專門學校，學成任事，此固勢所必然。而在大學則不然，大學者，研究高深學問者也”。

他還提出，大學不能只是從事教學，還必須開展科學研究。他要求大學教員不是灌輸固定知識，而是對學問有濃厚的研究興趣，并能引起學生的研究興趣；大學生也不是死記硬背教員的講義，而是在教員的指導下自動的研究學問。