1918年5月22日，蔡元培為“中日防敵軍事協(xié)定”反對政府變相賣國，又向大總統(tǒng)提出辭呈。

1918年11月16日，民國七年蔡元培51歲時，“一戰(zhàn)”剛結(jié)束，在天安門前組織集會慶祝，發(fā)表題為《勞工神圣》的演講，鮮明提出要“認識勞工的價值”，并喊出了“勞工神圣”的口號。

1919年，蔡元培在北京大學廢除科，改原隸屬于科的學門為系，設(shè)立14個系，廢學長，設(shè)系主任。原來的文、理、法三科分別改稱第一、二、三院，僅作為各系所在地區(qū)的標志（因原來三科分布在不同地區(qū)），不代表一級機構(gòu)。

五、五四運動

1919年5月8日，五四運動爆發(fā)后，蔡元培為抗議政府逮捕學生，于5月8日提交了辭呈。并于9日離京。1919年5月13日，北京各大專學校校長向政府齊上辭呈，支持蔡元培。

1919年6月15日，在他發(fā)布的《不愿再任北京大學校長的宣言》中說：“我絕對不能再作不自由的大學校長：思想自由，是世界大學的通例。后由于北大師生極力挽留，蔡元培答應(yīng)只做北大師生的校長。

1920年初，蔡元培與李石曾、吳敬恒，利用庚子賠款，創(chuàng)辦中法大學于北京。蔡元培任校長。1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園3位女生入北大文科旁聽，當年秋季起即正式招收女生，開中國公立大學招收女生之先例。

1920年5月，蔡元培聘任地質(zhì)學家李四光出任北京大學地質(zhì)系教授，邀著名作家莎菲回國任北京大學文學教授，8月，聘魯迅為北京大學講師。1920年年底，被北京大學派遣去歐洲考察。與法國里昂市長赫禮歐（Herriot），里昂大學醫(yī)學院院長雷賓（Lepine）等，合作設(shè)立里昂中法大學協(xié)會，決定在里昂成立中法大學。