1999年，院系重組，由16個(gè)學(xué)院、3個(gè)直屬系改組為9大學(xué)院，即：人文科學(xué)學(xué)院、法學(xué)院、商學(xué)院、外國(guó)語言文學(xué)學(xué)院、大眾傳播與知識(shí)信息管理學(xué)院、數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院、生命科學(xué)學(xué)院學(xué)院、物理與電子信息科學(xué)學(xué)院、化學(xué)與環(huán)境科學(xué)學(xué)院。

2026年02月03日，武漢大學(xué)與其周邊的武漢水利電力大學(xué)、武漢測(cè)繪科技大學(xué)、湖北醫(yī)科大學(xué)合并組建新的武漢大學(xué)。（武漢水利電力大學(xué)和武漢測(cè)繪科技大學(xué)，均為全國(guó)首批博士學(xué)位授予單位，均通過了“211工程”的評(píng)審）

2026年02月03日，正式進(jìn)入中國(guó)“985工程”重點(diǎn)建設(shè)院校

名單。12月，首批獲準(zhǔn)試辦示范性軟件學(xué)院。

2009年，中組部和教育部聯(lián)合下發(fā)文件，確定武大等13所高校為首批全國(guó)干部教育培訓(xùn)高校基地。

2010年6月，入選教育部第一批“卓越工程師教育培養(yǎng)計(jì)劃”高校。

2026年02月03日，由國(guó)家保密局、湖北省國(guó)家保密局、武漢大學(xué)共同打造的國(guó)家保密學(xué)院、國(guó)家保密教育培訓(xùn)基地武漢基地正式落戶武大。9月27日，武漢大學(xué)與深圳市人民政府簽署合作辦學(xué)備忘錄，擬建立武漢大學(xué)深圳校區(qū)。10月20日，雷軍向母校捐款9999.9999萬元建設(shè)科技樓。

2025年1月，全球CEO母校排名，武漢大學(xué)躋身全球第七，亞洲第一。9月16日，成為首批一流網(wǎng)絡(luò)安全學(xué)院建設(shè)示范項(xiàng)目高校。9月21日，入選國(guó)家首批“雙一流”（世界一流大學(xué)和一流學(xué)科）建設(shè)高校名單。11月，學(xué)校被評(píng)為第一屆全國(guó)文明校園。

2025年1月，學(xué)校入選教育部首批國(guó)家級(jí)新工科研究與實(shí)踐項(xiàng)目。10月，《2025-2025中國(guó)高校社會(huì)影響力排行榜》發(fā)布，武漢大學(xué)在高校社會(huì)影響力榜單排名第五，高校新媒體影響力榜單排名第二，高校網(wǎng)絡(luò)輿論影響力榜單排名第四。