1931年“九·一八”事變后，日本帝國主義侵略危及華北。1933年，易培基遭誣陷離職。馬衡接任院長。同年，故宮博物院為保護其文物安全，決定擇其精要裝箱南遷，并在南京建立庫房，成立故宮博物院南京分院，先后檢選出文物、圖書、檔案13427箱又64包，分5批運至上海、南京，最后歷盡艱險輾轉(zhuǎn)運至四川，分儲于巴縣、樂山、峨嵋山等地。

日偽占領(lǐng)時期，故宮博物院在北平僅勉強開放。日偽從故宮掠走銅缸、銅炮、銅燈亭計149件，熔毀制造武器。1945年北平收復(fù)，國民黨政府再度接收故宮博物院，馬衡繼任院長，部分南遷文物被運回。1947年9月，古物陳列所合并至故宮博物院。1949年2月，北平解放，故宮博物院由中國人民解放軍北平軍事管制委員會文化接管委員會接管。同年10月1日，中華人民共和國建立，故宮博物院隸屬中央人民政府文化部。

1951年故宮博物院業(yè)務(wù)管理機構(gòu)進行了調(diào)整，院以下設(shè)陳列、保管、群眾工作、古建筑管理等部及圖書館。文獻館改稱檔案館，后劃歸中央檔案局，成立了中國第一歷史檔案館。1954年建立了文物印刷工廠。同年夏吳仲超接替馬衡任院長。1961年中華人民共和國國務(wù)院公布故宮為全國重點文物保護單位?，F(xiàn)故宮博物院設(shè)有陳列、保管、群眾工作、古建筑管理、開放管理、服務(wù)等部及研究室、圖書館、出版社、文物修復(fù)廠、文物保護科學(xué)實驗室、古代建筑修繕隊、安全保衛(wèi)處等機構(gòu)。

故宮博物院的文物收藏主要來源于清代宮中舊藏。1924年“辦理清室善后委員會”曾對故宮文物逐宮逐室地進行了清點查收，事竣后整理刊印出《故宮物品點查報告》共6編28冊，計有9.4萬余個編號117萬余件文物?？谷諔?zhàn)爭結(jié)束后，疏散到后方的故宮文物被運往臺灣的有2972箱，仍寄存南京庫房的有2176箱，其余均陸續(xù)運回院。1949年以后，對故宮的文物重新進行了整理編號，計有“故”字號文物78萬余件，加上新入藏的“新”字號文物21萬余件，總數(shù)近百萬件。該院是中國文物收藏最豐富的博物館。