瑪麗試圖在貴族中重新尋找支持。他們中的一部分就是在伯斯維爾曾經(jīng)籠絡(luò)過(guò)簽署了埃斯里客棧聯(lián)合聲明，支持他迎娶瑪麗的貴族。

1567年4月24日，瑪麗最后一次在斯特靈探視了她的兒子。在她返回愛(ài)丁堡的路上她宣稱自己遭到了“綁架”。無(wú)論是否出于瑪麗的自愿，當(dāng)博斯維爾和他的手下將她帶回鄧巴城堡時(shí)，據(jù)說(shuō)她被博斯維爾伯爵強(qiáng)奸了，但其實(shí)在更早于達(dá)恩利身亡之前，她就已懷上博斯維爾的小孩。

5月6日，他們返回到愛(ài)丁堡，5月15日，在圣十字架宮，瑪麗和博斯維爾伯爵舉行了新教儀式的婚禮。然后這段婚姻并不圓滿，瑪麗在婚后兩天就喊著要一把刀來(lái)自殺，同時(shí)她也被懷疑她的臣民們視為淫婦。

貴族們都轉(zhuǎn)而反對(duì)瑪麗和博斯維爾伯爵并起兵反叛。6月15日瑪麗和博斯維爾伯爵不得不退到卡伯里山上對(duì)抗貴族軍隊(duì)。戰(zhàn)斗沒(méi)有打響，瑪麗以釋放博斯維爾伯爵的條件下答應(yīng)了貴族的要求。

但是貴族們沒(méi)有信守他們的承諾并將她帶到愛(ài)丁堡囚禁在列文湖城堡，這個(gè)城堡坐落在列文湖中央小島上。從1567年7月18日到24日，瑪麗懷的一對(duì)雙胞胎在城堡里流產(chǎn)了。7月24日，她被迫退位并將王位傳給只有一歲大的詹姆士。

四、亡命英格蘭

1568年5月2日，瑪麗從列文湖逃脫并再一次成功地招募了一支規(guī)模不大的軍隊(duì)。當(dāng)她的軍隊(duì)于5月13日在蘭塞德戰(zhàn)役被擊敗后，三天之后瑪麗逃往英格蘭。