1796年華盛頓不再連任，杰斐遜決定參加總統(tǒng)的競選。由于重視不夠，他以3票之差敗給了聯(lián)邦黨的約翰·亞當斯。1804年以前，憲法還沒有規(guī)定分別投票選舉總統(tǒng)和副總統(tǒng)，而是規(guī)定按得票的多少來決定總統(tǒng)和副總統(tǒng)，于是，杰斐遜當上了副總統(tǒng)。

在亞當斯政府中，杰斐遜扮演的是毫無實權(quán)、無所作為的角色，而且經(jīng)常與亞當斯意見相左，尤其是這一時期通過的《關于處置外僑和煽動叛亂的法令》，嚴重地限制了言論自由，是對個人權(quán)利的侵犯。杰斐遜一方面組織民主—共和黨人對法令進行抨擊，另一方面下決心在4年以后反對亞當斯的連任。1800年，由于準備充分，杰斐遜如愿以償?shù)禺斏狭丝偨y(tǒng)，4年以后又獲得了連任。

當選總統(tǒng)使杰斐遜得以實踐自己的民主理想。事實上，美國的民主制度在他任期內(nèi)也確實得到了進一步的發(fā)展。杰斐遜入主白宮后，給白宮帶來了諸多民主氣息。他廢除了白宮的許多繁文縟節(jié)，終止了華盛頓、亞當斯時期形成的每周一次的總統(tǒng)正式招待會，會見外賓時衣著樸素隨便。

他下令每天早晨開放總統(tǒng)官邸，他認為，總統(tǒng)府的建造主要依靠人民，應當允許民眾前來參觀。從1801年起，每天上午開放白宮的做法一直延續(xù)至今。此外，他主張擴大白人男子的選舉權(quán)。馬里蘭和南卡羅來納州在他的影響下修改了州憲法，廢止了選民的財產(chǎn)限制。他努力改善普通平民的處境，提倡政府應以節(jié)約代替稅收，廢除了實行近10年的國產(chǎn)貨物稅。