此外，內(nèi)閣無法控制它的軍事成員，因?yàn)樗慕y(tǒng)合能力很弱，另外陸軍和海軍大臣在內(nèi)閣的地位獨(dú)特——享有單獨(dú)輔弼天皇的獨(dú)立權(quán)限。海軍既擔(dān)心陸軍會(huì)控制大本營，又害怕削弱自己獨(dú)立的“統(tǒng)帥權(quán)”，在它的竭力主張下，首相和文職官員被排除在大本營之外。裕仁批準(zhǔn)了這種設(shè)置，但是這種設(shè)置降低了效率，在整個(gè)戰(zhàn)爭過程中，妨礙了與文職機(jī)構(gòu)的情報(bào)交換和協(xié)調(diào)。

大本營的設(shè)置，也使裕仁體會(huì)到作為一個(gè)積極能動(dòng)的大元帥在行使權(quán)力時(shí)變得容易了，而這是他的祖父明治天皇也未做到的事情。天皇的最高命令，被稱為大本營陸軍令(大陸命)和大本營海軍令(大海令)，在直接傳達(dá)給各方面軍司令官、軍司令官、經(jīng)常還有師團(tuán)長和艦隊(duì)司令官的過程中，參謀總長和軍令部長起的是“傳聲筒”的作用。

實(shí)際上，天皇不可能對(duì)大本營的所有命令都進(jìn)行詳細(xì)檢查，但是對(duì)于這些命令的最高類型——天皇的最高統(tǒng)帥命令，在統(tǒng)帥部準(zhǔn)備傳達(dá)之前，都要受到裕仁的仔細(xì)檢查。

　　統(tǒng)帥部長根據(jù)大陸命和大海令發(fā)布的較為重要的命令和指示亦是如此。首先是陸軍和海軍的作戰(zhàn)課起草命令，部課長進(jìn)行修改，然后沿著指揮系統(tǒng)傳到次長和總長處，最后，在命令發(fā)布之前提交給天皇取得他的許可。就這樣，裕仁不但作為一種力量推動(dòng)了日本整個(gè)戰(zhàn)爭體制，而且作為可以自由行動(dòng)的個(gè)人，仔細(xì)地審查和批準(zhǔn)了實(shí)行侵略戰(zhàn)爭的政策、戰(zhàn)略和命令，因此，天皇的責(zé)任是巨大的。

裕仁與大本營之間通過調(diào)查問題、告誡以及向統(tǒng)帥部和陸海軍大臣認(rèn)真重復(fù)他的指示和質(zhì)詢的方式相互作用。此外，他還學(xué)會(huì)了如何利用他的地位不斷地向他們施加心理壓力。平時(shí)，他行事溫和，可以說更像喬治·C·馬歇爾的禮貌儀態(tài)，而不像喬治·S·巴頓的風(fēng)格。然而，他的“質(zhì)詢”相當(dāng)于命令不能無視。