元朝書院制度更為興盛，專講程朱之學，并供祀兩宋理學家。明朝初年書院轉(zhuǎn)衰，直到王陽明出，書院再度興盛。隨后書院因批評時政，遭當?shù)乐桑魇雷?、張居正皆曾毀書院，尤其是東林書院事件，魏忠賢盡毀天下書院，書院乃大沒落。

滿清入主中國，對書院所保存的元氣，猶有余悸，繼續(xù)抑制書院。雍正十一年（1733年），正式明令各省建書院，改采鼓勵態(tài)度，書院漸興；惟不分官立私立，皆受政府監(jiān)督，不復宋元時的講學自由。清 王枚《睢州志·公署》：“今之州署為舊時洛學書院。書院創(chuàng)于雍正時劉公薊植，廣東粵秀書院。道光時馬公移建于署西袁氏（袁可立）宅，與州署鄰。”

直到庚子后新政，庚子詔令將全國書院改制為新式學堂，書院制度瓦解。

自民國年代起在香港、臺灣均有不同學校稱作「書院」，但已與古代的書院有所出入。

各個朝代的書院特點

唐代書院

書院之名始于唐代，分官私兩類。私人書院最初為私人讀書的書房，唐貞觀九年（635）設在遂寧縣的張九宗書院，為較早的私人書院。官立書院初為官方修書、校書或偶爾為皇帝講經(jīng)的場所。唐玄宗開元六年（718）將乾元院改名為麗正修書院。十三年又改為集賢殿書院。真正具有聚徒講學性質(zhì)的書院于五代末期基本形成，主要培養(yǎng)學生參加科舉考試。