宋代書院

北宋初年，私人講學的書院大量產(chǎn)生。陸續(xù)出現(xiàn)睢陽（應天府）、岳麓、白鹿洞、嵩陽、石鼓、茅山、象山等書院。其中睢陽（應天府）、岳麓、白鹿洞、嵩陽書院并稱為中國古代四大書院。到仁宗末年，北宋前期較有影響的書院全部消失。熙寧四年（1071）朝廷直接向州學派出教授，以削弱書院和縣學。七年將有教授的州中書院并入州學。南宋初期，張栻、朱熹、呂祖謙、陸九淵等學者開始修復書院，并成為學派活動基地及講學的場所。理宗（1224～1264）即位后，將理學定為正統(tǒng)學說，書院教育成為朱熹等理學大師的遺產(chǎn)被官府繼承。景定元年（1260）起，正式通過科舉考試或從太學畢業(yè)的官員才能成為每個州的書院山長，朝廷借此控制書院。

元代書院

元至元二十八年（1291）元世祖首次下令廣設書院，民間有自愿出錢出糧贊助建學的，也立為書院。后多次頒布法令保護書院和廟學，并將書院等視為官學，書院山長也定為學官，是書院官學化的開始。元代將書院和理學推廣到北方地區(qū)，縮短了南北文化的差距，并創(chuàng)建書院296所，加上修復唐宋舊院，總數(shù)達到408所。但受官方控制甚嚴，無書院爭鳴辯論的講學特色。

明代書院

明初時，宋元留存的書院，多被改建為地方學校和社學。成化、弘治以后書院逐漸興復。嘉靖十六年（1537）明世宗以書院倡邪學下令毀天下私創(chuàng)書院。十七年以書院耗費財物、影響官學教育再次禁毀書院。到嘉靖末年，內閣首輔徐階提倡書院講學，書院得以恢復。萬歷七年（1579）張居正掌權，在統(tǒng)一思想的名義下下令禁毀全國書院。其去世后，書院又開始盛行。天啟五年（1625）魏忠賢下令拆毀天下書院，造成了“東林書院事件”。崇禎帝即位后書院陸續(xù)恢復。期間書院總數(shù)達到2000所左右，其中新創(chuàng)建的有1699所，出現(xiàn)了陳獻章、王守仁等學派。明朝的書院分為兩類：一種重授課、考試的考課式書院，同于官學；另一種是教學與研究相結合，各學派在此互相講會、問難、論辯的講會式書院。后者多為統(tǒng)治者所禁毀。