之后黎元洪請督軍團團長張勛于6月14日入京調解。張勛入京后，擁立宣統(tǒng)復辟。事件為段祺瑞所鎮(zhèn)壓，黎元洪于事后辭去總統(tǒng)職，總統(tǒng)改由馮國璋擔任。府院之爭告一段落。

府院之爭表面上是一次“憲法漏洞”引起的國家機構爭權，實際上是內部利益集團的爭權奪利。

府院之爭的起因

中國國民黨和南方的地方勢力是黎元洪的依托，研究系、進步黨和北洋督軍是段祺瑞的基礎。雙方在國會制憲等問題上分歧嚴重。

黎元洪一派主張擴大國會權限，以抵制段祺瑞的專斷獨行，研究系則反對省制入憲，主張縮小國會權利，改兩院為一院，以迎合皖系軍閥專制的私利。

由于中國國民黨議員在國會人多勢眾，研究系的議案屢遭否決。在國會表決中（國會議場在今西城境內），皖系軍閥首領便策動北洋各省督軍，粗暴干涉國會，恣意打擊中國國民黨人。

1917年美國參加對德作戰(zhàn)，要求中國與之采取一致行動對德宣戰(zhàn)，并答應借給軍費，黎元洪表示同意。而日本支持段祺瑞參戰(zhàn)，答應借巨款給段祺瑞，以擴充其勢力。

因日本支持段祺瑞，中國若參戰(zhàn)必有利于日本，美國遂指使黎元洪伙同國會反對參戰(zhàn)。段祺瑞召集親信召開督軍會議，決定參戰(zhàn)，并要挾黎元洪和國會同意參戰(zhàn)案，但未能得逞，于是要求黎元洪下令解散國會。

黎元洪利用人們反段要求，在國會的支持和美國公使"允為后盾"的情況下，下令免去段祺瑞國務總理職務。

段祺瑞被罷職后，離京赴津，以天津為基地，組織脫離北京政府的各省督軍在天津成立"軍務總參謀處"，揚言另組臨時政府，段黎矛盾白熱化。