戰(zhàn)爭打到1905年的5月間，局勢已經(jīng)明朗，俄國人敗局已定，同時也已經(jīng)把中國的東三省打得遍地彈痕，滿目狼煙；人民流離失所，國土黯然無色。日俄雙方這時再也無力繼續(xù)打下去了，其他列強也希望早日恢復遠東地區(qū)的和平。于是6月，由美國總統(tǒng)羅斯福出面，進行調(diào)停，為兩國所接受。8月9日，議和談判在美國的樸茨茅斯開始。

清政府得知日俄兩國媾和的消息后，深恐他們在談判時對中國東三省地區(qū)進行瓜分，于是在談判開始前分別向兩國政府照會，聲稱“此次日俄戰(zhàn)爭曾在中國疆土用武，現(xiàn)在議和條款內(nèi)，倘有牽涉中國事件，凡此次未經(jīng)與中國商定者，一概不能承認”。

但是，日俄議和實際上就是雙方要根據(jù)各自在戰(zhàn)爭中的勝與敗，重新確立自己在中國東三省地區(qū)的地位和利益，對于中國政府的合理要求，日俄兩國都沒有予以理睬。在談判期間，同樣沒有與清政府進行商議，即擅自在關于中國東三省地區(qū)的問題上達成了妥協(xié)。

1905年9月5日，日俄兩國簽訂《樸茨茅斯條約》，計正約十五款，附約兩款。其中涉及到中國主權的內(nèi)容主要有：

一、俄國將包括旅順口、大連灣在內(nèi)的遼東半島租借地，及附屬的一切公共財物，讓與日本；

二、俄國將從長春到旅順口的鐵路及其一切支線，鐵路區(qū)域內(nèi)所附屬的一切權益、財產(chǎn)讓與日本；

三、兩國在東三省各自經(jīng)營的鐵路，只限于工商業(yè)用，不得用于軍事目的，但遼東半島租借地內(nèi)的鐵路不在此限；