隨后，船隊逆著強大的莫桑比克海流北上，巡回于非洲中部贊比西河河口。1498年4月1日，船隊抵達今肯尼亞港口蒙巴薩，當?shù)厍蹰L認為這批西方人是他們海上貿易的對手，因此態(tài)度極為冷淡。然而，當達·伽馬船隊于4月14日來到馬林迪港口拋錨停泊時，卻受到馬林迪酋長的熱情接待。他想與葡萄牙人結成同盟以對付宿敵蒙巴薩酋長，并為達·伽馬率領的船隊提供了一名理想的導航者，即著名的阿拉伯航海家艾哈邁德·伊本·馬吉德。這位出生于阿拉伯半島阿曼地區(qū)的導航員，是當時著名的航海學專家，由他編著的有關西印度洋方面的航海指南至今仍有一定的使用價值。達·伽馬率領的船隊依靠經驗豐富的領航員馬吉德的導航，于4月24日從馬林迪啟航，乘著印度洋的季風，沿著馬青德所熟知的航線，一帆風順地橫渡浩瀚的印度洋，于5月20日到達印度南部大商港卡利卡特。而該港口正好是半個多世紀以前，我國著名航海家鄭和所經過和停泊的地方。

達·伽馬他們一上岸，便被這里的繁榮富庶與異國風光驚呆了。他們用國內帶來的物品和金錢與印度人交換當?shù)氐耐廉a、寶石、香料等。達·伽馬又在卡利卡特樹立了一根顯示葡萄牙權力的標柱，正如他在這次航行的途中所豎的其他標柱一樣。但是長期壟斷這里貿易的阿拉伯商人，把達·伽馬視作自己的競爭對手，并逼迫他們在8月底離開了卡利卡特。

回國途中，由于沒有向導，達·伽馬他們歷盡千難萬險。壞血病在船員中蔓延，不少人因而病倒、死亡。由于暴風雨襲擊，船隊被沖散。當達·伽馬于1499年9月帶領船隊回到里斯本時，人員已經不到出發(fā)時的一半了。