達·伽馬首航印度的成功，使葡萄牙舉國為之歡騰，國王也極為高興，下令授予達·伽馬貴族稱號，并賜給他許多的錢財和地產。此外，從海外帶回的各種財物，也賣了許多錢，使船隊中每個活著回來的人都發(fā)了大財。

在第一次利潤的刺激之下，1502年2月，達·伽馬再度率領船隊開始了第二次印度探險，目的是建立葡萄牙在印度洋的海上霸權地位。船隊途經基爾瓦時，達·伽馬背信棄義，把該國埃米爾扣押到自己的船上，威脅埃米爾臣服葡萄牙，向葡萄牙國王進貢。在坎納諾爾附近的海面上，達·伽馬捕俘了一艘阿拉伯商船，將船上幾百名乘客，包括婦女兒童全部燒死。

為了減弱和打擊阿拉伯商人在印度半島上的利益，達·伽馬下令卡利卡特城統(tǒng)治者驅逐該地的阿拉伯人，而后又在附近海域的一次戰(zhàn)斗中，擊潰了阿拉伯船隊。1503年2月，達·伽馬滿載著從印度西南海岸掠奪來的價值昂貴的香料，乘著印度洋的東北季風，率領13艘船返回葡萄牙，同年10月回到了里斯本。據說，達·伽馬此次航行掠奪來的東方珍品如香料、絲綢、寶石等，其所得純利竟超過第二次航行總費用的60倍以上。

當達·伽馬完成了第二次遠航印度的使命后，得到了葡萄牙國王的額外賞賜，1519年受封為伯爵。1524年，他被任命為印度副王。同年4月以葡屬印度總督身份第三次赴印度，9月到達果阿，不久染疾，12月死于柯欽。

為了壟斷與東方之間的貿易利益，葡萄牙王室曾一度封鎖了繞過好望角可到達印度的消息。另一方面，葡萄牙王室又秘密策劃了對印度洋上其他航路的封鎖。為此，它發(fā)動了一場對阿拉伯人的海戰(zhàn)，于印度洋上打敗了阿拉伯艦隊。一時間，葡萄牙船隊成為獨霸印度洋海域的盟主。